在水處理工程中使用的原水常含有細(xì)菌、微生物，為了防止原水中細(xì)菌微生物對水處理組件和陰、陽離子交換樹脂的污染，必須先將細(xì)菌微生物殺死，以保證設(shè)備經(jīng)濟、安全運行。

水的殺菌方法很多，但在鍋爐水處理和冷卻塔循環(huán)水處理系統(tǒng)中，主要采用的是用殺菌滅藻劑處理，即向水中投加一定量的殺菌滅藻劑。

殺菌滅藻劑投入水中很快與原生質(zhì)細(xì)菌微生物化合，與蛋白質(zhì)生成穩(wěn)定的氮氯鍵。它對水中所有生物都具有毒性，能穿透細(xì)胞壁，進入細(xì)胞層，破壞細(xì)胞的新陳代謝。并且，氮氯鍵帶負(fù)電荷，可與水中Ca、Mg離子產(chǎn)生吸附，隨混凝物一塊被過濾掉。殺菌滅藻劑的殺菌效果主要是取決于水的ph值濃度，隨水的ph值變化而變化，較佳ph值為5.5-9。

另外，還有用臭氧、紫外線、非氧化性殺菌，但在鍋爐水處理和冷卻塔循環(huán)水處理系統(tǒng)中都很少使用。